科学网关于“新冠病毒不是源自实验室”的科普
讲正事儿之前,我们先按惯例闲话几句。“时近年节返故乡,过汉江,出黄冈。暂离江城,高堂迎道旁。黍米鸡粟忙遍尝,举杯酒,庆吉祥!”这是某粗通“简单的生物信息学分析”的科研工作者在春节将近,初步拟好的准备发给亲朋好友的拜年词。话说咱逢年过节给人发贺辞基本不用现成的,都是临时瞎编个打油诗,心意到了就好。豆儿妈在边上看见了,说,你难道是想告诉全世界你从武汉逃回了合肥?说得好有道理,赶紧去翻诗词大全,把刚才那个打油诗改成:“时值旧疫袭鄂乡,过汉江,出黄冈。佳节安度,一切依平常。黍米鸡粟忙遍尝,举杯酒,庆吉祥!”这样看上去是不是就不那么狼狈了?至于水平怎么样,这个,咳咳,咱是做“简单的生物信息学分析”的对吧?能糊弄个打油诗就可以了。
这样咱就讲讲这段时间的经历。往年我们家一般年三十或者二十九回合肥过年,去年一整年忙得跟打仗一样,所以早早就定了年后出去旅游的计划,因此决定今年早些回家乡。1月21日下午在实验室忙完工作回家,晚上一起看电视,看见钟南山院士讲有人传人。咱神经反射弧比较长,跟豆儿妈研究了一晚上没琢磨清楚究竟是怎么回事,因为即使人传人也还可能是有限人传人。第二天22日起床,专门看了一下新闻,没有特别的内容,只是有专家建议“武汉人最好别出去,外地人最好别来武汉”。还是没有反应过来是什么情况,所以按原计划自驾回安徽。高速上的交通还好,来来往往的车辆很多,不过我们既然是从武汉出来的,那进服务区下车都很注意戴上口罩。到了滁州住下,第二天起床发现武汉封城了,商量了半天是不是该立马开回去,后来决定既来之则安之。在滁州住了两天之后,于24日下午开回了合肥。回去了之后立马向社区报备,然后就呆家里不出门了。
老憋在家里人也着急,上蹿下跳跟猴儿似的。我妈倒是挺开心,问为啥啊?答:你从上大学开始到今天,这是头一回过年在家里呆这么长时间的。想想,好像是这么回事。这么多年晃晃悠悠,大多数都是瞎忙。不过即使是瞎忙,咱也尽全力瞎忙,争取能对得起纳税人给咱发的这份工资就好。在合肥的几天过得蛮好,该吃吃该睡睡,突然发现自己居然吃好喝好睡好就能为社会做贡献,这个大概一生也难得遇到几次。后来继续讨论,究竟是留在合肥还是回武汉,最后结论是回去。无他,在武汉工作生活了这么多年,太多的朋友、同事都在武汉,我得回来。所以30号回了武汉,一切安好,体温正常。
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讲完废话我们讲正事儿。话说昨天咱写了篇博文《新冠病毒不是源自实验室》,写完之后被各路朋友吐槽到体无完肤,最最严厉的批评就是:说好的通俗易懂、诙谐幽默哪儿去了?这个批评的确是很严重的问题,所以我要甩锅。甩锅自古以来就是个技术活儿,遇到问责,先说自己没错,这是错误的反应。正确的该怎么说?得这么说:各位说得对啊,我上一篇写得确实不够通俗易懂,确实没有做到诙谐幽默,我有问题。我在科普性和专业性的平衡方面考虑不够,值得反省和反思。疫情当前,科学家们要主动搞好科普,例如我写博文用到的“简单的生物信息学分析”,在浙大立铭教授的博文中有较好的描述,请各位多关注。是吧,这就把锅甩出去了。当然我这段甩锅的文字纯属拍脑袋瞎编,如有雷同,概不负责。
上一篇博文里,我们用到了立铭教授吐槽过的“简单的生物信息学分析”,其中涉及到两个算法包括用于全局双序列比对的Needleman-Wunsch算法和用于局部双序列比对的Smith-Waterman算法,以及常用的序列比对工具BLAST,这些内容是几乎所有基础生信教科书里必须要讲解的、最基础的内容。所以,“简单”二字,这是名副其实,经得起历史检验的。其次,即使是教科书上的内容,那也有一定的专业性。这里,咱引用轩哥的总结做一个较为简单的科普:
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1)老美(James Lyons-Weiler博士)发现的新冠病毒一段序列(1378个碱基),也出现在其他冠状病毒的序列中,且序列高度相似。说明这一段序列在自然界的冠状病毒中广泛存在,并非来自实验室。
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